在臨床統計上，最常需要水中運動治療的適應症為前十字韌帶問題、髖關節發育不全問題、骨關節炎問題(包含肩關節、肘關節、髖關節或膝關節)、椎間盤疾病問題、脊神經或腦神經退化問題以及肥胖問題等。
水中運動治療最常使用的兩種方式就是游泳以及水中走步機，而兩種活動著重的訓練目的是不一樣的！因此，要再此強調診斷的重要性，沒有診斷的治療可能是非必要的，有時候甚至可能造成慢性的傷害！
另外，因為資訊的發達，網路上可能可以看到許多個人經驗分享的水療方式，建議確認分享人的資訊出處以及撰文者的學經歷，避免助長傳播錯誤資訊，延誤或影響正確的治療效果。
水療要考量的資訊非常多，第一步是經由獸醫師確診問題，再由復健獸醫師評估並設計合適的水療療程。一般復健獸醫師可能會有一套自己的評估準則，大致上可以分成三個部分：
第一個部分是病畜生理方面，包含病畜的骨關節狀況、神經功能、心肺功能、呼吸狀況、整體皮膚健康情形、有無可見傷口等。
第二個部分是病畜的心理行為層面，包括病畜的個性、有無攻擊性、是否過度緊迫、能否以食物引導活動、是否需要多元的水療環境等。
第三個部分是飼主的經濟狀況與配合程度，是否能夠負擔預期療程的費用、是否能夠配合理想的水療頻率、是否符合飼主期待的治療方式等。
當然沒有一種治療是完全沒有併發症的，因此當我們了解得越多，才能夠將病併發症發生的機率降到最低。事實上，在專業人員監控下的水中運動治療，安全性是相當高的，不過臨床上仍然有些無法預期的併發症，在統計中，最常見的是皮膚問題(18-20%)，其次是肢體擦傷(15.8%)的問題，再來是結膜炎(13.6%)、外耳炎(6.3%)和呼吸問題(0.5%)等，比較容易發生在定期游泳的病畜身上，水中走步機運動則較少，可能是因為機器的安全性較佳，單一個體使用專屬用水，全程由專業人士在旁陪同，所以併發症相對發生比例不高。
最後再一次強調，做任何治療之前，都必須先確認問題，以及完整的評估。再安全的治療方式，都可能因為細節的不了解或操作不當而造成災難性的結果，因此，建議全程有專業醫療人員陪同及監控，才是最安全的！
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